مشخصات پژوهش

عنوان	شناسایی بیو مارکر ها و مسیر ها ی بیولوژیکی مربوط به رشد و نمو ماهیچه اسکلتی قبل و بعد از تولد در گاو، گوسفند و خوک
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	: صفت رشد، بیان ژن، مسیرهای بیولوژی، ژن های هاب،ماهیچه اسکلتی
چکیده	رشد و نمو ماهیچه های اسکلتی پس از تولد، تحت تاثیر تعداد فیبر ها و خواص متابولیکی و انقباضی آن ها قبل از تولد طی فرایندی به نام مایوژنز می باشد.هدف از این تحقیق شناسایی بیو مارکر ها و مسیر ها ی بیولوژیکی مربوط به رشد و نمو ماهیچه اسکلتی قبل و بعد از تولد در گاو، گوسفند و خوک می باشد. داده های مربوط به گاو، گوسفند و خوک در دوره های قبل و بعد از تولد از پایگاه داده GEO با شماره های دسترسی GSE44030، GSE23563 و GSE38518 دانلود شدند. برای کنترل کیفیت داده-های خام و آنالیز تفاوت بیان ژن ها از بسته LIMMA در محیط نرم افزار R استفاده شد.سپس با نرم افزار Venn diagram ژن های مشترک در بین سه گونه برای زمان های قبل و بعد از تولد شناسایی شدند. برای درک ماهیت ژن های با بیان متفاوت و تشخیص مسیر های زیستی درگیر از سرور آنلاین DAVID استفاده شد. برای بررسی ارتباط بین ژن ها و شناسایی ژن های هاب و ساخت شبکه هم بیانی از نرم افزار String و Cytoscpe استفاده شد. نتایج آنالیز بیان افتراقی قبل از تولد در گاو در بازه زمانی 135 تا 280 روز بعد از آبستنی در مجموع 5043 ژن، در گوسفند در طول دوره 70 تا 120 روز بعد از آبستنی در مجموع 444 ژن و در دوره 63 تا 91 روز بعد از آبستی در مجموع 905 ژن در خوک بیان متفاوت داشتنند. در زمان بعد از تولد در گاو در بازه زمانی 280 روز بعد از آبستنی تا 3 ماهگی در مجموع 1836 ژن، در گوسفنددر طول دوره 135 روز بعد از آبستنی تا 2 ماهگی در مجموع 484 ژن و در دوره 91 روز بعد از آبستنی تا بلوغ در مجموع 2912 ژن در خوک تفاوت بیان نشان دادند.تعداد ژن های مشترک در بین ژن هایی با تفاوت بیان درگاو، گوسفند و خوک در زمان قبل از تولد 45 ژن و در زمان بعد از تولد 36 ژن می باشد. مهمترین نتایج GO و مسیرKEGG در مورد ژن های مشترک بین سه گونه در زمان قبل از تولد شامل پاسخ سلولی به محرک های فاکتور رشد، تنظیم مسیر سیگنالینگ گیرنده فاکتور رشد شبه انسولین، تنظیم تکثیر جمعیت سلولی ، تنظیم مثبت تکثیر جمعیت سلولی، چسبندگی کانونی و در زمان بعد از تولد شامل تمایز مایوبلاست، تمایز مایوتیوب،رشد و نمو بافت چربی، سیگنال دهی PPAR و سیگنال دهی انسولین و مسیر مقاومت به انسولین بودند. ژن های هاب در زمان قبل از تولد شامل EGFR، VEGFA، CDH1، CAV1 و SLC2A4و در زمان بعد از تولد شامل PPARGC1A، MYOD1، EPAS1، IGF2، CXCR4،APOA1 بودند.یکی از اهداف و صفات مورد توجه در تولیدات دامی افزایش توده عضلانی است، که شناسایی ژن های هاب مرتبط با این صفت ، درک ویژگی های هستی شناختی و مسیر های فعالیت این ژن ها در زمان های قبل و بعد از تولد راهی برای رسیدن به این هدف است.
پژوهشگران	زهرا رودباری (استاد راهنما)