مشخصات پژوهش

عنوان	شناسایی کمپلکس های پروتئینی مرتبط با صفت اقتصادی تولید شیر در گاو شیری
نوع پژوهش	مقاله ارائه شده
کلیدواژه‌ها	آنالیز بیوانفورماتیکی ، برهمکنش ژنی، تولید شیر، شبکه تنظیمی
چکیده	شیر کامل ترین غذای شناخته شده حاوی مواد مغذی متنوعی است که می تواند تمامی وظایف غذای کامل را در بدن انجام دهد. کمبود مصرف این فرآورده دامی، عوارض جبران ناپذیری به دنبال دارد. بنابراین اهداف اصلاح نژادی در ایران بایستی برای افزایش تولید شیر برنامه ریزی شود. در واقع ژن عامل اصلی در برنامه ریزی عملکرد سلول و به دنبال آن کنترل ویژگی-های موجود زنده شناخته شده است. بنابراین تولید شیر تحت تأثیر عواملی از جمله بیان ژن ها قرار دارد. هدف از مطالعه حاضر شناسایی مجموعه های ژنی مرتبط با تولید شیر است که بدین منظور ژن های مورد بررسی در این مطالعه از پایگاه داده ای Arrayexpress با شماره دسترسیGSE33680 استخراج شدند. معیارهای شناسایی ژن های با بیان افتراقی و معنی دار (-2>fold Chang >2) و (Adj P-Value < 0.05) است. از دیتابیس String به سبب ارائه نتایج با اطمینان بالا جهت ترسیم شبکه استفاده شد. جهت مصورسازی شبکه از نرم افزار Cytoscape استفاده شد، شبکه بر اساس شاخص درجه (Degree) توسط نرم افزار NetworkAnalyzer موجود در Cytoscape تجزیه و تحلیل شد. سپس مناطق پرتراکم شبکه برهمکنش به کمک MCODE موجود در نرم افزار Cytoscape مورد بررسی قرار گرفت. در بررسی پروفایل بیان ژن مشخص شد که در مجموع 1709 ژن تفاوت معنی داری داشتند که 140 بیان بالا داشتند و 312 بیان پایین دارند. از 452 ژن با بیان متفاوت 91 ژن بیشترین تأثیر روی تولید شیر دارند که برخی از آنها در فرایندهایی مانند رشد و تمایز سلول های سوماتیک و رشد طبیعی غدد پستان در دوران بارداری نقش دارند. نتایج بررسی شبکه با MCODE وجود 3 کمپلکس در شبکه تولید شیر است. در این کمپلکس ها، پروتئین هایی که بالاترین امتیاز ارتباطی را داشتند و به صورت مربع شکل آمده است به عنوان seed معرفی شدند. در کمپلکس 1 تا 3 ژن های seed به ترتیب CXCR4، GUF1 و YKT6می باشند.
پژوهشگران	زهرا رودباری (نفر اول)، سعیده اسکندری نسب سیاهکوهی (نفر دوم)