مشخصات پژوهش

عنوان	آنالیز بیان ژن ماهیچه اسکلتی به منظور شناسایی ژنهای مؤثر در فرایند رشد گاو گوشتی
نوع پژوهش	مقاله چاپ شده
کلیدواژه‌ها	آنالیز شبکه، بیوانفورماتیک، پایگاه داده، ریزآرایه، مسیر زیستی
چکیده	هدف از انجام این پژوهش شناسایی ژنهای مؤثر در فرایند رشد و نمو گاو گوشتی با استفاده از پروفایل بیان ژن میباشد. رشد به عنوان تغییرات وزن زنده در هر واحد زمان یا توصیف نموداری وزن در مقابل سن حیوان بیان میشود. رشد حیوان نتیجه فرآیندهای زیستی متعددی است و ژنوتیپ، تعیین کننده حداکثر سطحی است که این فرآیندها میتوانند رخ دهند. در این مطالعه دادههای خام مربوط به سنین تولد، سه ماهگی، هفت ماهگی، 12ماهگی، 20ماهگی، 25ماهگی و 30ماهگی با فرمت TXTاز پایگاه داده ArrayExpressبا شماره دسترسی E-GEOD-25554دانلود شدند. در مرحله بعد، ابتدا کنترل کیفیت دادههای خام موجود با استفاده از بسته ،Limmaموجود در نرم افزار Rبا روش تحلیل مؤلفههای اساسی ( )PCAو سپس نرمالسازی داخل ریزآرایهها با استفاده از روش LOESSو بین نمونه ها به روش چندک انجام شد. معیارهای شناسایی ژنهای با بیان افتراقی و معنیداری دو شاخص ( )2 > Fold Change > -2و ()0/05 < Adj P-Value بودند. بررسی مسیرهای زیستی توسط پایگاه DAVIDانجام شده و بازسازی شبکه تنظیم بیان ژن توسط نرمافزار Cytoscapeصورت گرفت. نتایج آنالیز نشان داد در سنین متفاوت در مجموع 1030ژن مرتبط با رشد تفاوت معنیداری داشتند که از این تعداد 518ژن افزایش بیان و 512ژن کاهش بیان داشتند. از جمله مسیرهای سیگنالدهی مؤثر بر فرایند رشد میتوان Wnt، Insulin، IGF-Iرا نام برد و از مهمترین FN1 میباشند. ژنHSPA1A وFN1 ،SOD2 ،PCK1 ،HMOX1 ، SERPINE1 ، CST3، STAT3 ژنهای شناسایی شده در این مطالعه در سنین 20-25و 25-30ماهگی، SOD2در سن 0-3ماهگی، HMOX1در سنین 0-3و 12-20ماهگی، SERPINE1در سن 3-7ماهگی، PCK1در سن 20-25ماهگی، STAT3در سن 20-25ماهگی و HSPA1Aدر سن 25-30ماهگی افزایش بیان معنیداری داشتند. بنابراین نتایج این مطالعه میتواند اطلاعات تکمیلی برای درک بهتر ارتباط ژنها و مسیرهای زیستی آنها در فرایند رشد و استفاده در برنامه های اصلاح نژاد دام فراهم آورد
پژوهشگران	فریبا آنه شبه ناصری (نفر اول)، محمدرضا بحرینی بهزادی (نفر دوم)، زهرا رودباری (نفر سوم)، سعیده اسکندری نسب سیاهکوهی (نفر چهارم)