زهرا رودباری

تولید شیر یکی از مهم ترین صفات اقتصادی در صنعت پرورش گاو شیری است که توسط تعداد زیادی ژن کنترل میشود و تابعی از فعالیت سلولهای اپیتلیال میباشد که تحت تأثیر چندین مسیر بیولوژیکی و اثر متقابل ژنهای مختلف و بیان ژنها میباشند. بیان ژن فرایندی است که در آن از اطلاعات درون ژن استفاده میشود تا یک محصول کاربردی از آن به دست آید، همچنین یکی از مسائل بنیادی است که کمک میکند تا ژنوتیپ به صورت فنوتیپ ظاهر شود. هدف از این مطالعه شناسایی ژنهای مؤثر بر تولید شیر و رسم شبکه ژنی ژنهای مورد مطالعه جهت شناسایی ژنهای عمده اثر برای فهم بهتر مکانیسم تولید شیر با استفاده از بررسی الگوی بیان ژن طی بررسیهای بیوانفورماتیکی میباشد. در این مطالعه به منظور شناسایی ژنها با بیان متفاوت در بافت پستان گاو شیری، دادههای بیان ژن مربوط به بافت پستانی با شماره دسترسی GSE33680از بخش GEOبانک اطلاعاتی NCBIاستخراج گردید. بررسی کیفیت دادهها با استفاده از بسته Limmaموجود در نرمافزار Rو با استفاده از روش تحلیل مؤلفههای اساسی انجام شد. به منظور بررسی عملکرد ژنها با بیان متفاوت از نرمافزار DAVIDاستفاده شد. پس از شناسایی ژنهای هدف به پایگاه دادهای STRINGارائه شدند، جهت تبین نقش ژنها از نرمافزار Cytoscapeاستفاده شد. در این مطالعه نتایج تجزیه تفاوت بیان ژنها منجر به شناسایی 12121ژن شد که بر اساس آماره Fold changeو adj p-Value تعداد 214ژن افزایش بیان و 323ژن کاهش بیان داشتند. از جمله مسیرهای بیولوژیکی شناخته شده مؤثر بر تولید شیر -NF میباشند. مهمترین ژنها براساس درجه ارتباط باEGFR1, IL6, B cell receptor, ،KB signaling, Glycerolipid metabolism ژنهای دیگر و مرکزیت درونی و بیرونی ژنهای JAK1 ،SRC ،ATP5B ،HSPA8 ،KRAS ،MYCو FOXA2میباشند که نقش آنها در تنظیم تولید شیر در گزاراشات متعددی به اثبات رسیده است