زهرا رودباری

از مزایای علم بیوانفورماتیک، شناخت ژن هایی است که در امر انتخاب برای صفات تولیدی مفید و سود آور هستند.با توجه به این که ارتباط برخی ژن ها با تنوع موجود در صفات تولیدی بسیار زیاد است از آن ها به عنوان ژن های کاندیدا استفاده می شود. ژن های کاندیدا برای یک صفت خاص عبارتند از ژن های توالی یابی شده ای که فعالیت بیولوژیکی آن ها شناخته شده و در تکامل یا فیزیولوژی آن صفت دخالت دارند. یکی از صفات فیزیولوژیکی، صفت رشد می باشد. رﺷﺪ به عنوان ﺗﻐﯿﯿﺮات وزن زﻧﺪه در ﻫﺮ واﺣﺪ زﻣﺎن ﯾﺎ ﺗﻮﺻﯿﻒ ﻧﻤﻮداری وزن در ﻣﻘﺎﺑﻞ ﺳﻦ ﺣﯿﻮان ﺑﯿﺎن می شود. رﺷﺪ و ﻧﻤﻮ ﺣﯿﻮان ﻧﺘﯿﺠﻪ ﻓﺮآﯾﻨﺪﻫﺎی زیستی ﻣﺘﻌﺪدی اﺳﺖ و ژﻧﻮﺗﯿﭗ، ﺗﻌﯿﯿﻦﮐﻨﻨﺪه ﺣﺪاﮐﺜﺮ ﺳﻄﺤﯽ اﺳﺖ ﮐﻪ اﯾﻦ ﻓﺮآﯾﻨﺪﻫﺎ ﻣﯽﺗﻮاﻧﻨﺪ رخ دﻫﻨﺪ. ﻋﻮاﻣﻞ ﻣﺤﯿﻄﯽ ﻧﯿﺰ ﺑﺮوز ﭘﺘﺎﻧﺴﯿﻞ ژﻧﺘﯿﮑﯽ ﺣﯿﻮان را ﺗﺤﺖ ﺗأﺛﯿﺮ ﻗﺮار ﻣﯽدﻫﻨﺪ و از ﻣﻬم ترین عواملی هستند که ﮐﻤﮏ می کنند ﺗﺎ ژﻧﻮﺗﯿﭗ ﺑﻪ ﺻﻮرت ﻓﻨﻮﺗﯿﭗ در ﻣﻮﺟﻮد زﻧﺪه ﻇﺎﻫﺮ ﺷﻮد. پروفایل بیان ژن، میزان فعالیت ژن های متعدد را به طور هم زمان برای ایجاد تصویری جامع از عملکرد سلول نشان می دهد. در این مطالعه داده های خام مربوط به سنین تولد، 3 ماهگی، 7 ماهگی، 12 ماهگی، 20 ماهگی، 25 ماهگی و 30ماهگی گوساله گوشتی نژاد Wagyu با فرمت TXT از پایگاه داده ArrayExpress با شماره دسترسی E-GEOD-25554 دانلود شد. در مرحله بعد ابتدا کنترل کیفیتداده های خام موجود، با استفاده از بسته Limma موجود در نرم افزار R با روش تحلیل مؤلفه های اساسی (PCA) صورت گرفت و در ادامه نرمال-سازی داخل ریزآرایه ها با استفاده از روش LOESS و نرمال سازی بین نمونه ها به روش چندک انجام شد. معیارهای شناسایی ژن های با بیان افتراقی و معنی دار (-2> Fold Change>2) و (Adj P-Value < 0.05) بودند. بررسیمسیرهایبیولوژیکیوویژگی-هایساختاریوعملکردیژن هابه منظور شناسایی ژن های مؤثر در دوره های زمانی مختلف فرایند رشد، توسطپایگاه DAVID صورتگرفت. در این مطالعه با استفاده از نرم افزار Cytoscapeبه بازسازیشبکه تنظیم بیان ژن و مطالعه روابط بین ژن های دخیلدر رشد و نمو ماهیچه پرداخته شد. نتایج آنالیز بیان افتراقی ژن ها نشان داد که در پروفایل آنالیز شده در سنین متفاوت، در مجموع 1030 ژن تفاوت معنی داری داشتند که از این تعداد، 518 ژن مرتبط با رشد افزایش بیان داشته و 512 ژن دیگر کاهش بیان داشتند. از جمله مسیرهای سیگنال دهی مؤثر بر فراین